أوضحت وزارة الخارجية السودانية أن تنظيم القاعدة إذا أراد مساعدة حركة حماس "لا يحتاج بالضرورة للمجيء إلى السودان". وقال المتحدث الرسمي باسم وزارة الخارجية السودانية خالد موسى: إن بلاده ستقدم مذكرة لمجلس الأمن ضد إسرائيل بسبب قصف المدنيين وانتهاك سيادة الدولة. نافيا بشدة أن تكون الأهداف تتبع تنظيم القاعدة. وأضاف "لا تهمنا أسباب الاستهداف، وإنما يهمنا استهداف الدولة، والعدوان غير المشروع. ونفى أن تكون القاعدة لها أي نشاط بالبلاد". مشيرا إلى أن القاعدة تنشط في مناطق وبلدان معروفة. وقال موسى: إن رفض إسرائيل التعليق على قصف أهداف قرب بورتسودان يمثل اعترافا صامتا على أنها المتورطة في الحادث. وتابع "هذا ديدن إسرائيل في إرهاب الدولة ضد مواطني دولة أخرى". وأوضح موسى أن السودان يملك أدلة مادية حول الأمر، بالإضافة إلى أدلة بالبراهين، وقال: إن استهداف المدنيين وطريقة الأهداف علامة إسرائيلية مميزة.

من جهته أكد والي البحر الأحمر بالإنابة صلاح سر الختم اكتمال كافة الإجراءات الجنائية الخاصة بالجثامين، حيث تطابقت عيناتهم مع ذويهم الذين تعرفوا عليهم "لذا نؤكد أن الشخصين المتوفين سودانيان ومواطنان من الولاية". وقال صلاح: الشخصان المتوفيان أثبتت التحقيقات أنه لا علاقة لهما بالتهريب وتجارة الأسلحة كما ذكرت بعض وسائل الإعلام. وكشف أن حكومة الولاية ستأخذ حقوق المتوفين عبر القنوات القانونية والمؤسسات الدولية.

على صعيد آخر تتواصل المفاوضات بين المسؤولين الشماليين والجنوبيين تمهيدا لانفصال سلمي لجنوب السودان، ولكن بدون التوصل إلى تسوية مقنعة للمواضيع الكثيرة المثيرة للتوتر أو تبديد المخاوف. وتعهد الطرفان بمنع عمليات الترحيل القسري والتجريد من الجنسية، غير أنه ما زال يتحتم توضيح القوانين لضمان حقوق الشماليين والجنوبيين الذين لا يعتزمون العودة كل إلى منطقته. وسيبحث الطرفان في أثيوبيا الملفات الاقتصادية الرئيسية وهي العملة والدين وتقاسم العائدات النفطية. والمسألة الأكثر حساسية تبقى مستقبل منطقة أبيي النفطية المتنازع عليها على الحدود بين الشمال والجنوب، ويبقى كل من الطرفين متمسكا بمواقفه في الوقت الحاضر.

ويقول إيدي توماس من مجموعة تشاتام هاوس للدراسات في لندن "ليس هناك أي ملف يسهل التفاوض عليه. وفي ما يتعلق بأبيي، يبدو من المتعذر حقا التوفيق بين مواقف الطرفين". موضحا أن هذا الموضوع "ليس مهما إلى حد التسبب بحرب، لكنه مهم بما يكفي لقيام معركة بينهما بشأنه". وأضاف "من مشكلات أبيي أن أيا من الطرفين لا يرغب في حل المسألة".