هوَّن كثير من مسلمي جنوب السودان الأصليين من المخاوف على مصيرهم بعد انفصال الجنوب، مؤكدين أنهم جزء لا يتجزأ من هذه المنطقة ولا يخفون تأييدهم للانفصال، وأن الدين لن يكون سبباً في إلحاق الأذى بهم، في الوقت الذي أبدى فيه المسلمون النازحون من الشمال بعض المخاوف على مستقبلهم. ويعمل قسم كبير من مسلمي الجنوب بالتجارة، لذلك فإنهم من الميسورين مقارنة بغالبية السكان التي تعيش في فقر شديد.
أبو عبيدة مصطفى كوراك أحد هؤلاء المسلمين، ويشغل منصب نائب رئيس هيئة الشورى في المجلس الإسلامي لجنوب السودان، يرتدي الجلباب الأبيض والعمامة وقد غطى الشيب لحيته الكثة، ومع ذلك يقول "أنا مواطن جنوبي أصيل أتمتع بكل حقوق المواطنة". ويبدو من حركته في سوق جوبا الرئيسي وسط المدينة، ومن التحيات التي تلقى عليه من المارة أنه من النافذين في السوق والشخصيات المقبولة في المدينة.
يؤكد أبو عبيدة أنه لن يغادر الجنوب تحت أي ظرف، قائلاً إنه بقي فيه عقب الأحداث التي تلت مصرع القائد جون قرنق عام 2005، ولن يغادره مستقبلاً. ودلل على التسامح الديني الموجود في الجنوب بقوله "المساجد الكثيرة في جوبا شاهد على الحرية الدينية"، داعياً مسلمي الجنوب إلى وضع أيديهم في أيدي الحكومة الجنوبية". وأشاد بتصريحات رئيس حكومة الجنوب خلال مشاركته في المؤتمر الأول لمسلمي جنوب السودان الذي عقد في جوبا الشهر الماضي قائلا "إن أمن المسلمين والشماليين وأملاكهم في الجنوب خط أحمر".
في المقابل يختلف وضع الشماليين المقيمين في الجنوب عن وضع كوراك، حيث يشير عبدالله يونس إلى أنه من أبناء دارفور، ويقول "التخوف موجود في حال الانفصال، وربما أجد نفسي مضطراً للعودة إلى الشمال" قبل أن يضيف "نحن تجار ولا مشكلة لدينا مع أحد وحكومة الجنوب ليس لديها مشكلة معنا، وأفضل بالطبع البقاء في جوبا".
