هناك كثير من التحديات طويلة الأمد التي تواجه الاتحاد الإفريقي، والتي يجب على الاتحاد العمل على حلها مع الدول الأعضاء.

من هذه التحديات، دعم الحكم الرشيد، وترسيخ مؤسسات الدولة داخل القارة، حتى تعمل على تحسين حياة المواطنين، وتقوية محكمة العدل الإفريقية، والدفاع عن حقوق الإنسان، من بين تحديات أخرى كثيرة، وسنجمل هنا لمحات من هذه التحديات:

من الواضح أن دولا مثل الصومال وإفريقيا الوسطى وجنوب السودان في حاجة ماسة إلى إصلاح مؤسسي، لضمان حكم القانون، وتحسين حماية حقوق الإنسان، وتحقيق النمو الاقتصادي الشامل، ومن المهم الإشارة إلى أنه حتى الدول التي تبدو آمنة ما تزال تعاني أنظمة حكم يعوقها الفساد ولا رقابة عليها، كما أنها محصنة من أية عقاب.

ومن الأهداف طويلة الأمد للاتحاد الإفريقي يجب أن يكون حشد الدعم عبر القارة للإصلاح المؤسسي لفعل التالي:

(1) إنتاج دساتير لا يمكن التلاعب بها بسهولة من النخب السياسية "كما حدث في بوروندي وبوركينا فاسو"، لإطالة أمد بقائهم في السلطة.

(2) عملية حُكم تتسم بالفصل بين السلطات وقدرة على المساءلة والمحاسبة، وعلى الأقل استقلالا قضائيا يجب أن يكون محميا، وجهازا تشريعيا يعطى قدرا كافيا من الاستقلالية، كي يكون فاعلا للرقابة على الحكومات وعلى الرؤساء الذين كانوا في القارة، بلا أية محاسبة على أداء سلطاتهم الحكومية.

إنشاء مؤسسات لتحسين حياة المواطن العادي: الترتيبات المؤسسية التي توفر للمواطنين وسائل حل الصراعات السلمية وتنظيم حياتهم الخاصة والانخراط في حياتهم العامة، إضافة إلى المشاركة بصورة كاملة في الحُكم بما في ذلك القدرة على محاسبة حكوماتهم على أفعالها.

تقوية محكمة العدل الإفريقية وحقوق الإنسان: المحكمة بحاجة إلى سلطة لتكون بحق أداة قانونية فعالة لحماية حقوق الإنسان في كل دول القارة، بما في ذلك التعامل مع الجرائم التي يتم إحالتها حاليا إلى المحكمة الجنائية الدولية في لاهاي.

تسهيل التكامل الاقتصادي: حاليا كثير من الدول الإفريقية لديها اقتصاديات صغيرة نسبية وليست فاعلة، وبالتالي ليست قادرة على الانخراط في عملية الإنتاج التي يمكن أن تستغل وتستفيد من الاقتصاد التكنولوجي على نطاق واسع، والتكامل يمكن زيادته بصورة كبيرة بين تلك الاقتصاديات وتحسين قدراتها، لإنتاج بضائع تستطيع التنافس عالميا في كل من السعر والجودة.

تحويل الاتحاد الإفريقي من مراقب إلى لاعب فاعل: خلال السنوات القليلة الماضية ضربت القارة عمليات إرهابية كبيرة، ولكن الاتحاد الإفريقي ظل مراقبا بصورة أساسية، وعندما يتعلق الأمر بمكافحة الإرهاب، يجب أن يعمل الاتحاد الإفريقي بجد وعزيمة وقوة، لتطوير إطار عام فاعل لمكافحة الإرهاب.

مواجهة الفقر وعدم المساواة: يعدّ الفقر المدقع وعدم المساواة في الوصول إلى الفرص هي التحديات الأساسية لكل دول الاتحاد الإفريقي، ففي تقريره "أجندة 2063" وعد الاتحاد الإفريقي بمواجهة تلك القضايا وتحسين ما أسماه "النمو الاقتصادي الشامل والتنمية المستدامة"، تلك القضايا بالطبع متداخلة ومرتبطة بكثير من التوصيات التي تحدثنا عنها سابقا، فعلى سبيل المثال، من دون سلام لن تستطيع أي دولة إفريقية أن تتعامل مع أنواع النشاطات الاستثمارية التي يُمكن أن تحسن النمو الشامل والتنمية المستدامة، وبالتالي فمن المهم للاتحاد الإفريقي أن يروج لحكم القانون، وبالتالي يخلق البيئة المساعدة لظهور مجتمعات استثمارية توفر للمواطنين تحقيق ذاتهم.