رغم زيادة ميزانية جامعة الحدود الشمالية خلال السنوات الخمس الماضية إلى الضعف، لتصل إلى أكثر من 4 مليارات ريال، من شأنها أن تفي بخططها التشغيلية ومشاريعها التنموية، إلا أن العمل القائم بها ما زال يواجه بانتقادات واسعة من الأهالي، حيث لم يسهم - حسب قولهم - في وجود مدينة جامعية متكاملة كبقية الجامعات الأخرى.
وتحوي الجامعة التي تم إنشاؤها قبل 8 سنوات 9 كليات بعرعر و4 برفحاء و2 بطريف، إضافة إلى بعض المرافق في مبانيها، تشمل مركزا صحيا، ومركزا للنشر العلمي، ووحدة العلوم والتقنية، فيما يقع المبنى الجامعي بعرعر في مبنيين منفصلين الأول للسنة التحضيرية وإدارة الجامعة، والآخر خُصص للكليات الجامعية ويبعد نحو 20 كيلومترا.
حالات عدم الرضى عن الجامعة انتقلت من الإعلاميين والطلاب إلى بعض الأهالي خلال السنوات الماضية بسبب ضعف إمكاناتها التعليمية وصعوبة شروط قبولها للطلاب، فضلا عن عدم وجود كليات حيوية في فرعيها برفحاء وطريف، تخدم سوق العمل، وتحد من التسرب الوظيفي لمنسوبيها وخاصة أعضاء هيئة التدريس. وفي هذا السياق، سجل عضو هيئة التدريس بكلية الطب في الجامعة الدكتور عواد الذايدي عبر صفحته بموقع "تويتر" في وقت سابق امتعاضه الشديد من مركزية الجامعة قائلا: "المركزية المفرطة وتكليف من لا يستحق في مراكز قيادية سبب قبوعها في قاع الترتيب". وأتبعها بتغريدة أخرى قال فيها "عقود استثمارية بالملايين لأشخاص جامعتهم الأم لم تثق بقدراتهم وبعضهم لم يرأس قسما في جامعته".
فيما أقرت الجامعة في وقت سابق بوجود محاضر في قسم اللغة الإنجليزية بالجامعة، يحمل إقامة بمهنة "كهربائي مباني"، مبينة وقتها أنه ليس على كفالتها، وإنما على كفالة الشركة المشغلة للسنة التحضيرية. ويرى بعض الأهالي أن جامعة الحدود الشمالية تأخرت كثيرا عن اللحاق بركب الجامعات الأخرى، مستدلين على ذلك بجامعات أنشئت بتكلفة متقاربة.
