أخذ الدكتور محمد آل زلفة زمام المبادرة في إقامة متحفه الشخصي في حياته "لكي لا يحمل أحدا من أهله مشقة القيام بهذا العمل"، ويقول مالك مركز آل زلفة الثقافي والحضاري في محافظة أحد رفيدة إنه لا يريد لحياته أن تكون عابرة دون أن يكون لها أثر.

يتصدر المتحف ركن خاص بشهادة تقدير يعتز بها مصحوبة بميدالية ذهبية من خادم الحرمين الشريفين الملك سلمان بن عبدالعزيز، تشهد له بالتميز في أعماله في مجال تاريخ المملكة والجزيرة العربية.

وفي أسفل ذلك الركن وتحت الميدالية والبراءة التقديرية الموقعة من الملك نفسه، وضعت كثير من أعماله المشهورة التي تصل إلى نحو 35 عملا تاريخيا.

ويضم المتحف أوراقه الخاصة وصوره وصور عائلته رجالا ونساء وفي معظم المناسبات التي شارك فيها وكل وثيقة تتعلق به شخصيا. وقسم المتحف إلى سبعة أركان يحكي كل منها من خلال الصورة والوثيقة الفترة الأولى من حياة المكان الذي ولد فيه وبيئته ومدرسته وتضم صور هذا الركن أربعة أجيال: والدته وهو وزوجته وأولاده أحفاده وكل من له علاقة وثيقة بهذا المكان حيث يقع المتحف والركن الثاني يضم كل ما له علاقة بي منذ انتقاله من قريته إلى الرياض ثم الشرقية ثم العودة للرياض، والركن الثالث مرحلة دراسته الجامعية في جامعة الملك سعود إلى حين تخرجه تحكيها الصورة والوثيقة.

الركن الخامس ويمثل التحاقه بجامعة كمبريدج في بريطانيا وهي غنية تمثلها الصور والوثائق الكثيرة وبطاقات الجامعة وبطاقات مكتبة وبطاقات العضوية في بعض الجامعات والمنتديات ووثائق القبول في الجامعة والمراسلات المتعددة حول هذا الموضوع وشهادة حصوله على الدكتوراه ويضم كثيرا من الصور ووثائق رحلاته العلمية ومشاركاته في المؤتمرات العلمية الدولية والمحلية. الركن السادس ويمثل مرحلة العودة من البعثة وهذا الملف مثقل بالوثائق لم يتسع المكان لعرضها سوى نماذج منها ومعظم هذه الوثائق ستكون ضمن مكتبته الشخصية الوثائقية وبهذه المكتبة أودع كل رسائله الشخصية إلى أفراد أسرته ورسائله إلى الأصدقاء.

وخصص ركن يمثل مرحلة عضويته في مجلس الشورى منذ صدور الأمر الملكي بتعيينه، مرورا بصور من مشاركاته في الزيارات البرلمانية إلى عدد من البلدان.

ويضم المتحف عددا من مقتنياته الشخصية مثل بعض الراديوهات القديمة والحديثة ومحافظ النقود ودفاتر المذكرات والعناوين وسبع جوازات سفر وأول تذكرة طائرة ركبها في أول رحلة إلى خارج المملكة عام 1968، وكاميرات التصوير التي تعود تواريخ اقتنائها إلى مراحل مبكرة وبعض الأختام.

ومن مقتنيات المتحف النادرة والمهمة التي يعتز بها قلم ذهبي أهدي له من الملك فهد بن عبدالعزيز حينما كان وزيرا للداخلية عام 1384 وبعضا من تعليقات زملائه أعضاء مجلس الشورى على عدد من مداخلاته ووجهات نظره التي طرحها في المجلس على مدى ثلاث دورات تناولت تلك المداخلات كثيرا من القضايا.