نفت دولة جنوب السودان بشدة أن تكون سمحت لإسرائيل بإقامة قاعدة عسكرية على أراضيها، مشيرة إلى أن إثارة هذا الموضوع "يهدف إلى ضرب علاقتها بالدول العربية". وقال وزير إعلام جنوب السودان مايكل مكواي، في تصريحات صحفية "لا صحة على الإطلاق لما أشيع عن إقامة قاعدة إسرائيلية على أراضينا لمراقبة السلاح الموجه لحركة حماس، أو أننا سمحنا بذلك، لأننا دولة ذات سيادة، نرفض أن نكون محطة عسكرية للآخرين". واستدرك بالقول "مع ذلك، فإن من حقنا أن نشتري السلاح من أية دولة بما فيها إسرائيل، ولا نرى أي داع لانزعاج دول الجوار بسبب علاقتنا مع تل أبيب".
ورغم النفي الجنوبي، إلا أن خبراء عسكريين لم يستبعدوا بتاتا العلاقة الوثيقة بين جوبا وتل أبيب والتنسيق العالي بينهما، سواء أكان لاستهداف الخرطوم أو المقاومة الفلسطينية.
وكانت النائبة في الكنيست الإسرائيلي، تمار زندبيرج، صرحت أخيرا بأن بلادها تتعاون مع جنوب السودان، كقاعدة مراقبة ورصد لعملية تهريب السلاح إلى حركة حماس، عبر أراضي السودان.
وأضافت زندبيرج أن جنوب السودان يقدم خدمات أمنية هائلة لإسرائيل، الأمر الذي يفسر حرص رئيس حكومة الاحتلال بنيامين نتانياهو على مواصلة تقديم الدعم العسكري للدولة الوليدة، فضلا عن التدريب العسكري. وأكد مصدر في حكومة جوبا أن 70% من السلاح الذي وصل إليها عقب استقلالها كان من إسرائيل، ورغم أن علاقات الدولتين تأثرت بشدة عقب تصويت مندوب جوبا لدى مجلس الأمن الدولي لصالح قيام الدولة الفلسطينية، إلا أن الحرب الأهلية التي اندلعت أواخر العام قبل الماضي أعادت الدفء إلى علاقات الطرفين. وأوضح المصدر، الذي رفض الكشف عن اسمه، "بعد الحادثة توترت علاقات جوبا مع تل أبيب، رغم أن الأولى أقدمت على إقالة مندوبها لتأكيد رفضها لخطوته. إلا أنه طيلة فترة ما قبل الحرب لم تكن العلاقة مع تل أبيب جيدة، ولم تنفذ إسرائيل أيا من المشاريع التي وعدت بها جوبا، كما لم يتم رفع مستوى التمثيل الديبلوماسي، إلا بعد اندلاع الحرب".
ويشكّل الوجود الإسرائيلي في جنوب السودان توترا بين الحين والآخر بين الخرطوم وجوبا. ويعدّ الملف الجنوبي ـ الإسرائيلي موضوعا شديد الحساسية بالنسبة للخرطوم، ويرتبط بأمنها القومي، وتوليه اهتماما كبيرا، إلى حدّ دفع بها إلى نشر عدد واسع من استخباراتها في الجنوب لمتابعة هذا الملف عن كثب.
