تسبب تجاهل الفاتيكان الرد على تهئنة الأزهر للبابا الجديد بأزمة مكتومة لدى قيادة الأزهر تجاه الفاتيكان، حيث اعتبر الأزهر هذا التجاهل بمثابة تصعيد للأزمة بينهما منذ عهد البابا السابق بنديكتوس الذي اضطر الأزهر لإعلان وقف الحوار معه.  وأكد الأزهر أمس في بيان له أن عودة العلاقات بين الأزهر والفاتيكان مرهونة بما تقدمه مؤسسة الفاتيكان من خطوات إيجابية جادة تُظهِر بجلاءٍ احترام الإسلام والمسلمين.. وفي مقدمة هذه الخطوات الرد على تهنئة الأزهر للبابا بمناسبة ترسيمه، حيث لم يتلقَّ الأزهر حتى الآن ردا على هذه التهنئة.