دعت المديرة العامة لليونسكو ايرينا بوكوفا القوات العسكرية المالية والفرنسية إلى حماية التراث الثقافي لمالي الذي ألحق به الإسلاميون أضرارا بالغة في تمبكتو. ووجهت بوكوفا، التي استندت إلى اتفاقية لاهاي لحماية الممتلكات الثقافية لدى اندلاع نزاعات، رسالة إلى السلطات المالية والفرنسية دعتهما فيها إلى احترام هذه الاتفاقية التي "تمنع تعريض التراث الثقافي لتدمير أو لتلف". وأضافت بوكوفا في بيان أن "تدمير مواقع من تراث مالي في 2012 ، وخصوصا المقامات في تمبكتو، أثار موجة استنكار في كل أنحاء العالم. والتدخل العسكري يجب أن يتيح حماية السكان وتأمين سلامة التراث الثقافي المالي".
وفي يونيو 2012، ثم في الخريف، دمر إسلاميون من أنصار الدين، إحدى المجموعات المسلحة التي تسيطر على شمال مالي، مقامات في تمبكتو تشهد على العصر الذهبي للمدينة في القرن السادس عشر. وأعلنت اليونسكو أنها "زودت رئاستي الأركان المعنيتين بالعناصر التوبوغرافية المتعلقة بتحديد أماكن المواقع الأثرية، والجنود بكتيبات فردية تتضمن معلومات"، وذلك استباقا للعمليات العسكرية. وتضم مالي أربعة مواقع مدرجة في لائحة التراث العالمي لليونيسكو (تمبكتو وضريح اسكيا في غاو ومدينة جنة القديمة قرب موبتي ومنحدرات دوغون). واعتبرت اليونسكو أن "هذا التراث الثقافي هو ركن في إعادة بناء السلام والمجتمع في مالي".
