نفى الأزهر ما تردد حول وجود أزمة بين قيادته وقيادات الدعوة السلفية بمصر مؤكداً أنه يفتح أبوابه للجميع من مختلف التيارات الفكرية في مصر .
وقال مستشار شيخ الأزهر الدكتور محمود عزب إنَّه في الندوة التي عُقِدت حول مستقبل حرية التفكير في مصر، والتي نظَّمتها الهيئة القبطية الإنجيلية، وأسهم فيها عددٌ كبيرٌ من المثقفين وعلماء الدِّين، تناول وثائق الأزهر وخُصوصًا منظومة الحريات الأربع بنصِّها كما هي، ولم يتطرَّق قط إلى أي طرف أو تيار ديني ولا سياسي بأي نقد أو أدنى إشارة، .
وكان العديد من وسائل الإعلام قد استغلت المنهج الصوفى الذى ينتمي إليه شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيِّب للحديث عن خلافات وأزمات بين الأزهر والتيار السلفى فى مصر .
