تحولت أولى جلسات أحداث مجلس الوزراء المصري والمتهم فيها 269 شخصاً بينهم عدد من النشطاء السياسيين إلى صراع سياسي جديد بين القوى الثورية والمجلس العسكري، حيث استهل المتهمون الجلسة بهتافات تطالب بإسقاط "حكم العسكر"، مطالبين بالبراءة. ونفوا التهم التي نسبت إليهم بحرق وتدمير مبنى المجمع العلمي المصري، وكذلك مباني مجلس الوزراء ومجلسي الشعب والشورى والتعدي على أفراد القوات المسلحة ومقاومة السلطات. وتجيء المحاكمة بعد أن أثار اتجاه رئيس الوزراء المكلف هشام قنديل للإبقاء على المشير محمد حسين طنطاوي كوزير للدفاع في الحكومة الجديدة حالة من الجدل داخل الأوساط السياسية في مصر، ففي الوقت الذي اعتبرت فيه بعض القوى الثورية بقاءه "استمراراً لحكم العسكر"، فضلت القوى الإسلامية تجنب تداعيات ما يمكن أن يحدث في حالة إعفائه من منصبه ساعية إلى تفادي إدخال البلاد في أتون أزمة جديدة بين "العسكر والإخوان". واعتبر عضو ائتلاف شباب الثورة معاذ عبدالكريم أن بقاء طنطاوي في منصبه يؤكد استمرار موازين القوى التي كانت تحكم البلاد خلال الفترة الانتقالية، وأن السلطة لم تنتقل بشكل كامل، وقال "ما زالت هناك موازنات تتم في إدارة الدولة بسبب عدم خضوع المؤسسات للسلطة المنتخبة، والدليل على ذلك الإشكالية القائمة الآن بين مرسي والمجلس العسكري حول تشكيل الوزارات السيادية".
وبدوره قال القيادي الإخواني البارز صابر أبو الفتوح إن بقاء طنطاوي في منصبه كان الرأي الأرجح بين القوى السياسية لعدم ترشح أي من القادة لهذا المنصب سواء من داخل الجيش أو من خارجه، وأؤكد أنه لن يكون هناك أي صدام بين مؤسسة الرئاسة والمجلس العسكري سواء تم ترشيح طنطاوي أو غيره للمنصب، خاصة أن الإعلان الدستوري المكمل حرم الرئيس من ترشيح أي قادة في الجيش لكن الوضع سيتغير في الدستور الجديد".
وعلى صعيد اللجنة التأسيسية لوضع الدستور قال رئيس حزب الوسط أبو العلا ماضي إن اللجنة اتفقت بإجماع آراء أعضائها أن النظام المختلط (الرئاسي البرلماني) سيكون هو الأنسب لمصر، وأن المادة الثانية من دستور 71 ستبقى دون تغيير مع الاتفاق على شطب عبارة "مرجعية الأزهر"، حيث ستكون المحكمة الدستورية هي المرجعية الوحيدة فيما يتعلق بالدستور، مشيراً إلى أنه "من الممكن إعادة انتخاب رئيس جديد بعيد إقرار الدستور".
وبدوره انتقد عضو لجنة الدستور محمد البلتاجي إصرار الإعلام على توجيه النقد للجنة دون النظر إلى ما قامت به من جهد طوال الفترة الماضية، وقال "لا يضرنا ذلك الحصار الإعلامي المفروض الذي لا ينقل إلا محاولات يائسة فاشلة من قلة لا يتجاوز عددها أصابع اليد الواحدة لتشويه وتعطيل الحوارات، بينما يتجاهل ذلك الإعلام التنويه لآلاف المشاركات الجادة الراقية في جلسات استماع يومية".