تحولت قضية العلاقة مع إسرائيل إلى محور هام في أحاديث المرشحين في انتخابات الرئاسة المصرية، حيث تعهَّد المرشح الرئاسي حمدين صباحي بإيقاف الغاز المصري عن تل أبيب بصورة نهائية في حال فوزه بمقعد الرئاسة، حتى لو قامت بسداد المتأخرات عليها، أو رفعت السعر، وقال "سأسعى إلى وصول الغاز الطبيعي لجميع القرى والمدن". أما نظيره محمد سليم العوا فقال إنه سيلتزم بالعهود مع إسرائيل، وأضاف "نحن ملتزمون معهم إذا استقاموا، أما إذا اختلفوا فنحن لهم بالمرصاد، واتفاقية السلام فيها شروط مجحفة تم قبولها في ساعة الضرورة ونحن لن نقبلها".
إلى ذلك أثارت الفتاوى التي تردَّدت مؤخراً بعدم جواز التصويت للمرشحين عمرو موسي وأحمد شفيق باعتبارهما من أتباع النظام السابق، ردود فعل متباينة وخلافات فقهية في الأوساط الدينية. وأكد رئيس قسم الفقه المقارن بجامعة الأزهر عبد الفتاح إدريس أن "كل من انتمى للحزب الوطني مجروح ولا يجوز ترشحه، ولا يجوز لأحد أن ينتخبه، لأنه سكت عن المنكر ولم ينه عنه"، فيما رفض أستاذ الفقه بكلية الشريعة والقانون علوي خليل تلك الفتوى قائلاً "الطعن في أشخاص لمجرد أنهم كانوا ينتمون للنظام السابق أو حزبه المنحل، ضلال ما بعده ضلال، لأن ذلك يعد شهادة بغير علم".
من جانبه شنّ شفيق هجوماً حاداً على النائب عصام سلطان الذي اتهمه بالفساد، وقال "سلطان عمل بجهاز أمن الدولة في الفترة الأخيرة، وكان يستخدم في الحصول على المعلومات عن الحركات السياسية وعلى رأسها حركتا كفاية والجمعية الوطنية للتغيير، كما لعب دوراً في توريط خيرت الشاطر بقضية ميليشيات الأزهر بإيعاز من الجهاز". وتأتي تصريحات شفيق في الوقت الذي تصدر فيه استطلاع الرأي الأسبوعي الذي يجريه مركز المعلومات التابع لمجلس الوزراء حول اتجاهات الرأي العام، حيث حصل على نسبة 12% من الأصوات، في حين جاء موسى في المركز الثاني بنسبة 11% وأبو الفتوح ثالثاً بنسبة 9%. وحل محمد مرسي في المركز الرابع بنسبة 6%، وصباحي خامساً بنسبة 5%، ولم يحصل العوا إلا على 1%.