ويتم تحديد مواقع البؤر الملوثة على عدة مراحل، تبدأ بمراجعة تقارير التفتيش والمخالفات البيئية لتحديد المناطق الحرجة والمواقع الملوثة، مروراً بتقييم أخطر الصناعات استناداً إلى نوع الملوثات الناتجة عنها، وصولاً لإجراء مسح موسع للمناطق المحتملة باستخدام الأقمار الصناعية لتحديد أي مناطق يُشتبه في تعرضها للتلوث.
وبعد تحديد هذه المناطق، تتم زيارة المواقع الملوثة لمعاينتها على أرض الواقع، حيث يتم إجراء القياسات الحقلية اللازمة لتكوين صورة أولية عن الموقع، ومن ثم يتم جمع عينات من مختلف الأوساط الملوثة لتحليلها في المختبرات المعتمدة، للتأكد من نوع وتركيز الملوثات الموجودة في الموقع.