عادة لا يكون هذا النوع من الإشعاع جيدًا بدرجة كافية للتأثير على بنية الحمض النووي أو الذرات. مع ذلك، فإن التعرض لمستويات عالية من الإشعاعات غير المؤينة يمكن أن يشكل خطورة على الصحة.
وتشير الدراسات إلى أن الميكروويف يحتفظ بالعناصر الغذائية بشكل جيد، وفي كثير من الأحيان يكون أفضل من طرق أخرى مثل القلي، لكن تتوقف مخاطر استخدامه ببساطة على نوع الوعاء الذي يتم تسخين الطعام فيه، حيث يؤدي تسخين الطعام بالميكروويف في وعاء بلاستيكي إلى تكوين مركبات تعطل الهرمونات مثل مادة BPA التي تلوث الطعام في أثناء تسخينه. لذا بدلا من تسخين الطعام في وعاء بلاستيكي بالميكروويف، يجب استخدام وعاء زجاجي، لأن BPA أو ثنائي الفينول A مادة كيميائية تعطل الغدد الصماء.