وتنقسم الجائزة إلى 3 مسارات رئيسة هي: التميُّز، والابتكار، والأثر، إذ تمنح جائزة التميُّز للجهات الأعلى تطبيقًا لمعايير التميز في برامجها المرخصة من المركز، وتمنح جائزة الابتكار للجهات المبتكرة للتقنيات والممارسات في قطاع التعليم والتدريب الإلكتروني، فيما تمنح جائزة الأثر للجهات الأعلى فاعلية وكفاءة في تنمية القدرات البشرية وتفعيل مبادرات التعليم والتدريب الإلكتروني.
وتم تحديد هذه المسارات نظرًا لأهميتها الإستراتيجية في تعزيز الثقة في التعليم الإلكتروني، وتمكين تكافؤ فرص الوصول إليه مدى الحياة، وريادة الابتكار المستدام فيه، وذلك وفق أفضل الممارسات العالمية في القطاع، وبما يحقق مفاهيم العدالة والتمكين والتطوير في المنظومة.