وكان هؤلاء قد اعتقلوا ونُقلوا إلى السجن بين 2001 و2003 ولم يتم توجيه أي تهم إليهم على غرار معظم المعتقلين الآخرين. وقد فتح معتقل غوانتانامو في 2002 في القاعدة الأمريكية في كوبا لاحتجاز أعضاء في تنظيم القاعدة وشركاء مفترضين لمنفذي اعتداءات 11 سبتمبر 2001.
وأصبح السجن نقطة ضعف لواشنطن المتهمة بالاعتقال غير القانوني فيه وارتكاب انتهاكات للحقوق الإنسانية والتعذيب. وقد ضم نحو 800 «أسير حرب» معظمهم اعتقلوا على الرغم من ضعف الأدلة على تورطهم. وتعرض كثيرون منهم للتعذيب في مواقع سرية لوكالة الاستخبارات المركزية الأميركية (سي آي أيه) قبل نقلهم. ولم تثبت شبهات الأمريكيين إلا على نحو عشرة منهم.