أبدت الحكومة السودانية قلقها من تسارع وتنامي وتيرة التطبيع بين دولة جنوب السودان وإسرائيل، وعبرت عن تخوفها من أن ترمي علاقة الدولة الوليدة بالدولة العبرية لزعزعة استقرار السودان، ولاسيما أن اللوبي الصهيوني يدعم جوبا منذ وقت طويل.
وقال المتحدث باسم الخارجية السودانية العبيد أحمد مروح إن الحركة الشعبية ظلت تلقى العون من إسرائيل دعماً لإستراتيجية منع التمدد العربي والإسلامي. وأضاف "ثبت عملياً أن الأمر أكبر مما كان يعتقد أو يقدر بعد تسارع خطوات التطبيع بين جنوب السودان وإسرائيل". وقال "نحن ننظر لهذا الأمر من زاويتين الأولى أنه شأن داخلي سيادي لجنوب السودان لا يعنينا في شيء، ولكن من زاوية ثانية نتحسب من تأثير هذه العلاقة على استقرار الأوضاع الأمنية بالسودان أو الإضرار به".
إلى ذلك عبرت الولايات المتحدة عن قلقها بعد معلومات تحدثت عن دعم حكومة دولة جنوب السودان، للمتمردين في إقليم جنوب كردفان الذين يحاربون نظام الخرطوم. وقالت المتحدثة باسم الخارجية الأميركية فكتوريا نولاند إن "الولايات المتحدة تدعو الجانبين إلى السماح بوصول المساعدات الإنسانية إلى السكان المتضررين في جنوب كردفان". كما دعت الجانبين إلى "بدء مفاوضات رسمية للتوصل إلى وقف نهائي للمعارك وإلى تسوية سياسية".
