لكن وكالة الدواء الأوروبية حذرت من استخدام العقارين لعلاج كوفيد-19 إلا في حال الضرورة القصوى. وقالت "من المهم جدا ألا يستخدم المرضى وفرق الرعاية الطبية المختصة الكلوروكين والهيدروكسيكلوروكين إلا في إطار تجارب سريرية أو في طوارئ وطنية لعلاج كوفيد19". ولكل من العقارين تأثير جانبي خطير محتمل وخصوصا عند تناوله بجرعات كبيرة أو إعطائه إلى جانب أدوية أخرى.
وهناك مخاوف أيضا من نقص وخصوصا في دواء الكلوروكين، الأقل خطورة بين الإثنين والذي يستخدم أيضا لعلاج التهاب المفاصل. وتجري العديد من الدول تجارب سريرية على العقارين في إطار المساعي للحد من انتشار وباء كوفيد-19.