أسند خادم الحرمين الشريفين الملك عبد الله بن عبدالعزيز إلى وزير البترول والثروة المعدنية المهندس علي بن إبراهيم النعيمي في عام 2006 مهمة الإشراف على تأسيس جامعة الملك عبد الله للعلوم والتقنية كمؤسسة بحثيـة عالميـة للدراسات العليا.
وبعد عملية بحث دولية عينت الجامعة البروفسور السنغافوري تشون فونغ شي رئيسا مؤسسا للجامعة، وتولى قيادتها في يناير من عام 2008، وتولى مهامه كرئيس للجامعة اعتبارا من أول ديسمبر من العام نفسه.
وتلقى فريق الإدارة التنفيذية المكلف للجامعة، والمعار من شركة أرامكو السعودية خلال المرحلة التأسيسية للجامعة الدعم من مجلس استشاري عالمي يضم شخصيات بارزة، إضافة إلى مستشارين مرموقين في المجال الأكاديمي وتصميم الأبحاث والتخطيط المادي. وقد نالت الجامعة جائزة مكة للتميز العمراني لأنها قطعت شوطاً كبيراً في هذا المجال في وقت وجيز جداً. وقد فتحت الجامعة أبوابها منتصف رمضان المنصرم لـ 400 طالب، يقوم بالإشراف عليهم 80 أستاذا جامعيا لتمنحهم درجاتها العلمية في 11 مجالا دراسيا.