بعد مفاوضات مطولة، اتفقت حكومتا السودان على استئناف تصدير الخرطوم للنفط الجنوبي، على أن تتقاضى 15 دولارا على كل برميل، نظير نقل النفط عبر خط الأنابيب، وتكريره في المصافي الشمالية، ثم تصديره من ميناء بورتسودان.
وقال مسؤول في سفارة جوبا بالخرطوم، إن الاتفاق تضمن ربط التسديد بأسعار النفط العالمية. وكانت الخرطوم رفضت قبل عدة أشهر تصدير النفط الجنوبي عبر أراضيها، لعدم التزام جوبا بتسديد حصة السودان من النفط الذي تم تصديره، وتعلَّلت جوبا حينها بأن الاتفاق السابق كان يقضي بأن تنال الخرطوم 35 دولارا عن البرميل الواحد، وهو ما لا يتوافق مع الانخفاض العالمي في أسعار النفط. وتحتاج جوبا إلى الخرطوم بصفة مستمرة، نظرا لعدم امتلاكها أي منفذ بحري، وحاولت في مرات كثيرة إقناع شركات عالمية بإنشاء خط أنابيب إلى ميناء مومباسا الكيني، وعرضت أن يكون احتياطي النفط ضامنا لتحصيل مستحقاتها، إلا أن حالة عدم الاستقرار الأمني والسياسي في الدولة الوليدة، دفع الشركات إلى الامتناع عن تنفيذ المشروع باعتباره مخاطرة.