يحوي المسجد النبوي كثيرا من المعالم المعمارية، ومن تلك المعالم ما يسميه الباحثون والمهتمون بتاريخ المسجد النبوي 6×6×6، وتحديدا تقع في الحرم القديم، أي البناء المجيدي، وهي معالم مشهورة تكررت بالعدد 6.
الأولى: الأسطوانات الست:
1 - أسطوانة عائشة -رضي الله عنها- وهي تقع وسط الروضة الشريفة، وقد اتخذها النبي -صلى الله عليه وسلم- مصلى مدة شهرين بعد تغيير القبلة، ثم تحول مكان مصلاه إلى الأمام، وأصبحت هذه الأسطوانة خلفه، فقد حرص المعماريون العثمانيون على توضيح هذه الأسطوانة، فقد كتب عليها هذه أسطوانة السيدة عائشة.
2 - أسطوانة الوفود، وهي التي كان النبي -صلى الله عليه وسلم- يستقبل عندها الوفود، وتقع في الجهة الشرقية من الروضة المشرفة، شمال أسطوانة المحرس، وكتب عليها المعماريون العثمانيون هذه أسطوانة الوفود.
3 - أسطوانة الحرس أو المحرس، وكانت تسمى أسطوانة علي بن أبي طالب -رضي الله عنه- لأنه كان يجلس عندها حارس للنبي -صلى الله عليه وسلم- وهي تقع في الجانب الشرقي من الروضة الشريفة، وكتب عليها المعماريون العثمانيون هذه أسطوانة الحرس.
4 - أسطوانة السرير، وهي مكان اعتكافه -صلى الله عليه وسلم- وكان يوضع عندها سرير من جريد النخل والسعف، وكتب عليها المعماريون العثمانيون هذه أسطوانة السرير.
5 - أسطوانة التوبة أو أسطوانة أبي لبابة، وهي التي ربط فيها أبو لبابة الأنصاري -رضي الله عنه- نفسه وقال: والله لا أفك هذا الأسر عن نفسي حتى يتوب الله علي، ويحلني رسول الله -صلى الله عليه وسلم- وقد كتب عليها المعماريون العثمانيون هذه أسطوانة أبي لبابة وتعرف بالتوبة.
6 -الأسطوانة المُخلّقة، أي المطيبة بطيب الخلوق، وهي الملاصقة لمصلى النبي -صلى الله عليه وسلم- من جهة القبلة، وكتب عليها المعماريون العثمانيون هذه الأسطوانة المُخلُقة.
وظلت هذه الدلالات التي كتبها المعماريون في العهد العثماني كما هي إلى الآن، وقامت الدولة السعودية خلال توسعة ملوكها بالمحافظة عليها والمداومة على العناية بها، وطلائها مع الحفاظ على الكتابات والنقوش المجودة عليها.
الثانية: المحاريب الستة الشهيرة في المسجد النبوي، وما تزال موجودة، ومن أبرز معالم المسجد النبوي، محل اهتمام وكالة الرئاسة لشؤون المسجد النبوي:
1 - المحراب النبوي: وهو المحراب الذي صلى به النبي صلى الله عليه وسلم.
2 -المحراب العثماني: وهو المجود في الحائط القبلي للمسجد النبوي، ومكان الإمام الحالي، وينسب إلى ذي النورين عثمان بن عفان -رضي الله عنه- وما زال هو مكان الإمام منذ عهده رضي الله عنه.
3 - المحراب الحنفي الذي يعرف بالسليماني نسبة للسلطان سليمان القانوني، وهو لأتباع المذهب الحنفي.
4 - محراب فاطمة: ويقع داخل المقصورة المطهرة.
5 - محراب التهجد: وهو شمال المقصورة خلف حجرة فاطمة رضي الله عنها.
6 - محراب شيخ الحرم: أنشئ في عهد السلطان عبدالمجيد الأول، وكان موقعه خلف دكة الأغوات، يسار الداخل من باب النساء.
الثالثة: أبواب المسجد النبوي الستة الشهيرة، مع أن أبواب المسجد النبوي وصلت 100 باب يصعب حصرها بأسمائها ومواقعها، إلا أن الأبواب الرئيسية والشهيرة التي يعرفها أهالي المدينة والزوار، ويجعلونها معلما هي 6 أبواب:
1 - باب السلام: يقع في الجهة الغربية.
2 - باب الصديق: نسبة إلى أبي بكر الصديق -رضي الله عنه- يلي باب السلام.
3 - باب الرحمة: يلي باب الصديق.
4 - باب البقيع: في الجهة الشرقية موازيا لباب السلام.
5 - باب جبريل: في الجهة الشرقية موازيا لباب الصديق.
6 - باب النساء: في الجهة الشرقية موازيا لباب الرحمة.