يعتمد كثير من مرضى المناعة الذاتية على بروتوكول المناعة الذاتية الغذائي الصحي الذي يعتمد على إقصاء أنواع معينة من الأغذية التي تزيد من حدة الالتهابات في الجسم، فيما يجب أن يحتوي النظام الغذائي لهم، على مجموعة عالية من المعادن والفيتامينات، وتشير الدراسات التي أجريت على مجموعة من الأغذية يمكن للمريض تناولها وهي كالآتي: الخضروات بأنواعها المختلفة، والأسماك - ليس جميعها، واللحوم الحمراء، وبعض الزيوت.
1. الخضروات
الكراث.
الخيار، والبروكلي.
البصل الأخضر.
الفطر والبصل.
البطاطس الحلوة.
الشمر.
القلقاس.
الفجل.
الأفوكادو.
نبات الهيليون.
البامية، والبقدونس.
الجزر الأبيض.
الفجل، والكرنب.
الجرجير، والهندباء.
اليقطين، واللفت الأصفر.
الزعتر، والريحان، والبقدونس أو أي أعشاب أخرى مسموحة.
الكوسة، والجزر، والقرنبيط، والخرشوف.
الخضروات الورقية، مثل: الجرجير، والسلق، والخردل الأخضر.
البنجر.
2. اللحوم ومصادر البروتين
سمك الأنشوجة، والبلطي، والسالمون، والتونة، والإسقمري البحري.
الجمبري، والسردين.
مرق العظام.
لحم البط، والديك الرومي.
لحوم البقر المجفف.
نخاع العظم.
المحارات الصدفية.
الدهون الحيوانية.
لحم البقر المُغذى على الأعشاب.
المحار، والسلطعون.
اللحوم الحمراء الخالية من الدهون.
لحم الماعز، والفرخ، والحمَل.
3. الفواكه
الليمون.
الجوافة، والشمام.
الكرز، والمانجو.
التوت البري، والبطيخ.
جوز الهند.
البرتقال، والإجاص.
البلح، والجريب فروت.
الفراولة، والموز.
الكيوي، والتين.
التوت، والعنب.
الأناناس، والشمام.
اليوسفي، والمشمش.
البابايا، والنكتارين.
الراوند، والخوخ.
التفاح، والماندرين.
البرقوق، والتوت الأسود.
4. الزيوت
زيت الزيتون.
زيت جوز الهند.
زبدة جوز الهند.
زيت الأفوكادو.
1. الخضروات
الكراث.
الخيار، والبروكلي.
البصل الأخضر.
الفطر والبصل.
البطاطس الحلوة.
الشمر.
القلقاس.
الفجل.
الأفوكادو.
نبات الهيليون.
البامية، والبقدونس.
الجزر الأبيض.
الفجل، والكرنب.
الجرجير، والهندباء.
اليقطين، واللفت الأصفر.
الزعتر، والريحان، والبقدونس أو أي أعشاب أخرى مسموحة.
الكوسة، والجزر، والقرنبيط، والخرشوف.
الخضروات الورقية، مثل: الجرجير، والسلق، والخردل الأخضر.
البنجر.
2. اللحوم ومصادر البروتين
سمك الأنشوجة، والبلطي، والسالمون، والتونة، والإسقمري البحري.
الجمبري، والسردين.
مرق العظام.
لحم البط، والديك الرومي.
لحوم البقر المجفف.
نخاع العظم.
المحارات الصدفية.
الدهون الحيوانية.
لحم البقر المُغذى على الأعشاب.
المحار، والسلطعون.
اللحوم الحمراء الخالية من الدهون.
لحم الماعز، والفرخ، والحمَل.
3. الفواكه
الليمون.
الجوافة، والشمام.
الكرز، والمانجو.
التوت البري، والبطيخ.
جوز الهند.
البرتقال، والإجاص.
البلح، والجريب فروت.
الفراولة، والموز.
الكيوي، والتين.
التوت، والعنب.
الأناناس، والشمام.
اليوسفي، والمشمش.
البابايا، والنكتارين.
الراوند، والخوخ.
التفاح، والماندرين.
البرقوق، والتوت الأسود.
4. الزيوت
زيت الزيتون.
زيت جوز الهند.
زبدة جوز الهند.
زيت الأفوكادو.